交感神経系には免疫反応を抑制したり増強したりする働きがあります。様々な自己免疫疾患で交感神経の機能障害が確認されており、交感神経の機能の異常（交感神経の過緊張や機能低下）が免疫機能の異常につながることが明らかになっています。
また、交感神経には甲状腺の機能を亢進させる働きがあることがカイロプラクティックの臨床研究にて報告されています。
カイロプラクティックでは交感神経の機能異常の原因となっているサブラクセーションを取り除き、交感神経が正常に機能できる状態を整えます。
甲状腺の機能が低下している場合は交感神経でのサブラクセーションを優先して取り除いていきます。
副交感神経系には体で起こる炎症反応を感知し、感知した情報を脳へ送り、過剰な炎症を抑制する働きがあります。自己免疫疾患では体の様々な組織で不必要な炎症反応が起こっており、それを抑制するためにこの副交感神経の機能は必要不可欠です。
また、副交感神経には甲状腺の機能を抑制する働きがあることがカイロプラクティックの臨床研究にて報告されています。
カイロプラクティックでは副交感神経の機能を妨げる原因となっているサブラクセーションを取り除き、副交感神経が正常に機能できる状態を整えます。
甲状腺の機能が亢進している場合は副交感神経でのサブラクセーションを優先して取り除いていきます。
